zu a). Wenn mails aus dem Papierkorb gelöscht wurden, müsstest du die mailboxes (Postfächer) von Time Machine restaurieren lassen. Damit würden aber alle neuere emails verschwinden, weil ein älterer Zustand hergestellt wird.
zu b) Wenn du emails aus der inbox löscht und auch aus dem Papierkorb, dann verschwinden sie auch aus den intelligenten Ordnern. Diese speichern keine Kopien der emails, sondern bieten nur eine andere Sicht auf den augenblicklichen Inhalt deiner Postfächer. Alle emails sind nur einmal gespeichert, werden aber in unterschiedlichen Gruppierungen angezeigt.