Das wird schwierig, denn alle Veränderungen werden ja auf alle Gerät übertragen.
Da hilft nur ein Backup der Fotos, die man löschen möchte, und danach die Fotos mit iTunes auf das Gerät zu übertragen
Wenn Sie die iCloud-Fotomediathek aktivieren, werden Ihre Fotos und Videos automatisch in iCloud hochgeladen. Sie werden nicht in Ihrem iCloud-Backup dupliziert. Wir empfehlen Ihnen, stets Sicherheitskopien Ihrer Mediathek anzulegen. Sie können Ihre Fotos und Videos von iCloud.com auf Ihren Computer laden und als separate Mediathek speichern, sie mit "Digitale Bilder" oder "Fotos" auf Ihren Computer übertragen oder sie auf einem separaten Laufwerk sichern.
aus: iCloud-Fotomediathek - Apple Support
Fotos oder Videos, die Sie über iTunes auf Ihr Gerät kopieren, werden nicht in die iCloud-Fotomediathek aufgenommen.
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Beim Löschen eines Fotos oder Videos aus der App "Fotos" wird dieses auch aus der iCloud-Fotomediathek sowie dem iCloud-Speicher entfernt.
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aus: Unterstützung für die iCloud-Fotomediathek erhalten - Apple Support