Ich nutze Aperture auf meinem Mac und synchronisiere meine Geräte auf die traditionelle, manuelle Art. In Aperture kann ich die Option aktivieren, Duplikate nicht zu importieren, dann können ältere Fotos noch auf den Geräten bleiben, bis ich sie dann dort lösche.
iCloud Fotomediathek nutze ich auch nicht, denn dort werden ja alle Änderungen immer auch auf den restlichen Geräten gemacht. Und ein Backup empfiehlt sich da sowieso auch, dann kann ich die Bilder gleich direkt auf den Rechner kopieren.
Wenn Sie die iCloud-Fotomediathek aktivieren, werden Ihre Fotos und Videos automatisch in iCloud hochgeladen. Sie werden nicht in Ihrem iCloud-Backup dupliziert. Wir empfehlen Ihnen, stets Sicherheitskopien Ihrer Mediathek anzulegen. Sie können Ihre Fotos und Videos von iCloud.com auf Ihren Computer laden und als separate Mediathek speichern, sie mit "Digitale Bilder" oder "Fotos" auf Ihren Computer übertragen oder sie auf einem separaten Laufwerk sichern.
aus: iCloud-Fotomediathek - Apple Support