Geht es um die Update-Rubrik in iTunes auf dem Computer?
Solange die Apps auch in der Mediathek von iTunes sind, werden auch unter "Updates" neue Versionen aufgelistet, auch wenn sie nicht mehr auf dem iPhone installiert sind. Nur wenn man sie aus der Mediathek löscht, werden keine Updates für diese Apps angezeigt.
Man könnte sie ja danach erneut kostenlos laden, wenn man sie wieder brauchen sollte.