Hallo Torsten,
sind die Apps unter einer andern Apple-ID gekauft? Dann musst du sie entweder mit deiner ID neu kaufen, ggf. nach der Nachfolge-App suchen, da alle dieser Apps scheinbar nicht mehr im AppStore gelistet sind.
Denkbar ist ferner, dass diese Apps unter deiner ID auf einem anderen Gerät installiert sind. Dann empfiehlt sich, in iTunes alle Automatikfunktionen auszuschalten:
automatische Synchronisierung sobald das iPhone angeschlossen wird
automatisches Laden neu gekaufter Apps auf allen Geräten
automatisches Laden aller Apps und dafür die aufgelisteten Apps, die aufs iPhone sollen, explizit auswählen.
Wenn du schon länger ein iPhone hast, dann hat iTunes den Ablageort der Apps innerhalb des iTunes-Medienordners mehrfach geändert. Ich hatte die Apps vielfach in diversen Versionen in verschiedenen Ordnern auf der Festplatte. Darüber hinaus wurden die Apps auf dem iPhone regelmäßig aktualisiert, wenn ich im Wlan war, iTunes auf dem Mac wollte aber auch immer, dass ich die Apps in iTunes aktualisiere. Inzwischen habe ich keine Apps mehr in iTunes, weil ich sie alle über iTunes gelöscht habe. Einmal gekaufte Apps können -solange sie im AppStore sind- immer wieder runtergeladen werden, da müssen sie nicht auch noch in iTunes gespeichert werden. Und bei einer Wiederherstellung befinden sich die Hinweise auf die vorhandenen Apps im Backup, so dass die aktuelle App-Version geladen wird.
Möglicherweise befinden sich die problematischen Apps ja in einem ganz anderen Ordner, als in dem von dir geprüften Ordner.
Gruß Thomas