Hast du ein TimeMachine Backup von deinem Mac? Wenn ja, dann kann man sehr einfach nachschauen. Ansonsten, hattest du es jemals aufgesetzt und seit einiger Zeit aber keine Externe mehr angeschlossen?
Wenn irgendwann mal eins eingerichtet wurde, kann man die LocalSnapshots sehen, die auf der Festplatte sind (und man kann ich in der TimeMachine in der Mail App in der Zeit zurück gehen.
Es gibt noch ein oder zwei Sachen, die man im Mac selber anschauen könnte, bzw. in der Mail-App.
Zu erst würde ich aber den Ordner mit den Mails, also alles was Mailboxen und so betrifft, sichern, nicht dass der abhanden kommt oder was geändert wird, was nicht geändert werden soll.
Folgender Pfad in Finder -> Gehe zu -> Gehe zu Ornder ; ~/library/mail
-> den bitte kopieren und nicht löschen. In der Library kann man viel kaputt machen, wenn man was löscht oder entfernt, daher einfach sichern, gerade wenn es wichtige Daten sind.
Danach in der Mail App: Die entsprechenden Posteingänge/Postfächer markieren, oben in der Leiste auf Postfach klicken, und ganz unten müsste "Rebuild" oder das deutsche Wort dafür stehen.