Dieses Verhalten von iTunes ist villeicht von Apple gewollt, aber definitiv von vielen Usern nicht gewollt, wie man in einschlägigen Foren nachlesen kann. Ich möchte meine Apps zentral in iTunes unter Windows verwalten und von dort aus auf meine iPhones und iPads verteilen. Ich möchte vor allem auch die Option haben, eine frühere Version einer App, die durch ein Update verschlimmbessert wurde, aus dem Papierkorb zu holen und wieder auf dem iOS-Gerät zu installieren. Und ich möchte jederzeit eine gekaufte und auf meinem Windows PC gespeicherte App weiter über iTunes wieder auf einem iOS-Gerät installieren können, da es lt. anderen Usern vorkommen kann, dass eben bestimme Apps doch nicht mehr über "meine Käufe" online erhältlich sind.
Diese Funktionalität mit iTunes zu nutzen wurde einem ohne Vorwarnung seitens Apple genommen. Ich wurde zum Glück durch einen Forenbeitrag gewarnt und bin bei iTunes 12.6 geblieben. Es bleibt zu hoffen, dass Apple genügend kritische Rückmeldungen von Benutzern erhält und hier nachbessert.
Der oben verlinkte Artikel geht im Abschnitt "Eine App erneut laden" nicht auf Windows PCs ein, nur bei anderen Objekten wie iBooks. Der Artikel ist also für Windows-User nicht hilfreich.