Grundsätzlich:
iBackUp Bot für Windows - Vollversion liegt bei ca. 36€.
Mit der kostenlosen Trial-Version probieren.
Problematisch könnte der Zugriff auf die Unterverzeichnisse - vom iPad aus unter der App „Fotos“ - werden.
Bei einem solchen Vorhaben würde ich höchstvorsorglich unter “Fotos“ vorab die Unterverzeichnisse als separate Alben einrichten, und nicht den ganzen Verzeichnisbaum kopieren.
Dann nachsehen, ob diese Alben bei verbundenem iPad unter iBackUp Bot bei „Fotos“ als import-/exportfähig aufscheinen.
Sodann versuchsweise eine Datei pro Album rüberkopieren (drag & drop).
Mit „Fotos“ kontrollieren, ob alles so angezeigt wird, wie du das haben möchtest.
Dann sollte deiner Kopierorgie - Verzeichnisinhalt für Verzeichnisinhalt - nichts mehr im Wege stehen.
Möglicherweise funktioniert das nicht ad hoc mit der Trial-Version und für den vollen Funktionsumfang ist die kostenpflichtige Vollversion erforderlich.
Erforderlichenfalls vor Kauf nochmals bei den Programmierern nachfragen, die kennen sich garantiert noch viel differenzierter mit den Möglichkeiten ihrer Software aus, als ich.