Der eine, auf dem Mac erstellte Kontakt sollte sicher stellen, dass die Kontakte zusammengeführt werden, und nicht auf irgendeiner Seite gelöscht werden.
Da müsste unten im Dialogfenster "Info" in iTunes auch noch eine Möglichkeit sein, die Kontaktinfo auf dem iPhone zu ersetzen. Davor sollte natürlich kein Haken gesetzt sein.
Wenn man die Kontakte-Option in den Einstellungen für iCloud auf dem iPhone ausschaltet, bleiben die Informationen ja immer noch in iCloud. Bei erneuter Aktivierung hat man sie dann wieder auf dem Gerät, falls etwas über iTunes schiefgeht.