Hallo maddinvM!
Es kann unterschiedliche Gründe haben, weswegen deine PDF Dateien nach Updates nicht mehr in iBooks auffindbar sind.
Wir haben folgende Informationen für dich finden können, damit du die PDF Dateien in iBooks sichern kannst.
Wenn Sie iBooks nach einer Aktualisierung auf iOS 9.3 oder OS X 10.11.4 zum ersten Mal öffnen, werden Sie aufgefordert, iCloud zu verwenden. Hier erfahren Sie mehr über das Synchronisieren Ihrer Bücher und PDF-Dokumente mit iCloud.
Auf dem Computer haben Sie auch die Möglichkeit, PDFs zur iTunes-Mediathek hinzuzufügen, indem Sie das PDF in die iTunes-Mediathek "Bücher" ziehen und dort ablegen. Die Dateien werden angezeigt, wenn Sie Ihr Gerät für die Synchronisierung vorbereiten. Wenn Sie OS X Mavericks oder neuer verwenden, ziehen Sie Ihre PDFs mit iBooks für Mac in Ihre iBooks-Mediathek, und legen Sie sie dort ab. Alle PDF- oder iBook-Dateien in Ihrer iBooks-Mediathek können über iTunes mit dem iOS-Gerät synchronisiert werden.
So synchronisieren Sie ein PDF-Dokument von Ihrem Computer in iBooks auf Ihrem iPhone, iPad oder iPod touch:
- Wählen Sie Ihr iOS-Gerät aus. (Hier erfahren Sie, wie Sie Ihre Daten mit iTunes synchronisieren.)
- Klicken Sie unter "Einstellungen" auf "Bücher".
- Wählen Sie "Bücher synchronisieren".
- Wenn iTunes so eingestellt ist, dass nur ausgewählte Bücher synchronisiert werden, stellen Sie sicher, dass das Markierungsfeld neben dem zu synchronisierenden PDF-Dokument ausgewählt ist.
- Klicken Sie auf "Synchronisieren".
Sie können iTunes auch verwenden, um ein Backup Ihrer PDF-Dateien zu erstellen. Um PDFs auf Ihren Computer zu übertragen und in einem Backup zu sichern, übertragen Sie Einkäufe von Ihrem iOS-Gerät auf Ihren Computer. Diese Dateien sind nicht in einem iTunes-Backup enthalten. Hier erfahren Sie, was in iTunes- und iCloud-Backups enthalten ist.
Aus: iBooks für PDF-Dokumente auf dem iPhone, iPad oder iPod touch nutzen - Apple Support
Weitere Informationen hierzu kannst du auch hier finden:
Mit iCloud Drive oder iBooks auf PDF-Dateien, ePub-Dateien und Bücher zugreifen - Apple Support
Wir hoffen, dass wir dir hiermit bereits weiterhelfen konnten.
Liebe Grüße und noch einen schönen Tag!