Die Einstellungen für die Erreichbarkeit über iMessage bestimmt ja, welches Gerät die Nachricht erhält.
Wenn man jetzt ein neues Gerät für seine Apple ID einrichtet, oder iMessage dort neu aktiviert wird, dann wird automatisch die Telefonnummer oder Mailadresse der Apple ID übernommen. Daher auch die Meldung an das iPhone. Wenn man die Angaben für das iPhone auf dem iPad nicht ändert, dann bekommt man automatisch Nachrichten auf beide Geräte geschickt.
Nur bei einer eindeutigen Zuordnung kann man dies verhindern, bzw. dann auch Nachrichten zwischen den beiden Geräten austauschen.