Verschwinden die e-Mails nur auf dem iPad oder auch auf anderen Geräten?
Vermutlich verwendest Du einen IMAP-Server. Dann wird die Lösung wohl bei Deinem e-Mail Provider zu finden sein. Welche hast Du?
Mir ist keine Einstellung in iOS bekannt, die e-Mails nach ein paar Wochen automatisch löscht.