IMAP Mailaccounts zusammenlegen?

Als IMAP-Accounts bei 1&1 noch eine Obergrenze von 10 GB bzw. 2GB für unbegrenzt viele Accounts hatten, habe ich - auf Anraten von 1&1 - seit 2007 eine steigende Anzahl von 2GB-Accounts benutzt, um ältere Post zu archivieren. Da auch das Archiv von mehreren Geräten aus durchsuchbar sein muss, kam lokale Archivierung nicht in Frage.

Nun ist die Obergrenze 50 GB, und ich möchte etwa 17 Accounts auflösen und den Inhalt in ein einziges Archivpostfach legen.

Im Prinzip ja ganz simpel, ich kopiere einfach Account für Account alle mails via Apple Mail in das neue Postfach und warte jeweils eine Weile. Die Synchronisierung ist aber bei so grossen Datenmengen nicht nur langsam, sondern offenbar auch unzuverlässig: ich habe auf diese Weise über mehrere Tage 50.000 Mails kopiert, im neuen Postfach sind aber nur 37.000.

Gibt es da eine zuverlässigere Methode?

Und, passend dazu: gibt es ein Werkzeug, um den Bestand von Mails in verschiedenen Postfächern zu vergleichen und fehlende Dateien oder Duplikate zu finden?