iCloud Fotomediathek speichert echte Duplikate nur einmal (identische Dateien - selber Dateiname, selbes Datum , gleiche Grösse). Wenn du identische Dateien umportiert hast, kannst du dennoch Duplikate in Fotos ssehen, wenn du in den Fotomediatheken auf den verschiedenen Geräten unterschieliche Anpassungen vorgenommen hast.
Was iCloud Fotomediathek nicht erkennen kann, ob eine Foto ein Duplikat ist, könnte es daran liegen, dass Anpassungen vorgenommen wurden, oder eine version verkleinert wurde, beispielsweise durch iCloud Foto Freigabe. Die freiegegebenen Alben haben nur kleinere Versionender freigegebenen Fotos.
Wenn du sehr viele Duplikate in geringerer Auflösung hast, kann ich das Programm PhotoSweeper empfehlen. Es kann Duplikate erkennen, auch wenn eine Foto mit Anpassungen versehen wurde oder verkleinert wurde, da Photo Sweeper den Bildinhalt vergleicht und nicht nur die Dateiattribute.