Der Migrationsassistent ist ein ziemlich grobes Instrument. Er migriert ohne Rücksicht auf Verluste Apps, Systemdateien, Einstellungen und auch leider allerhand Müll von alt nach neu. Dass es dabei zu Versions- und Kompatibilitäts-Konflikten kommen kann, ist selbstredend. Anders ausgedrückt: es kann gut gehen, muss aber nicht.
Ich würde daher von der Verwendung des MA abraten und den Mac lieber "zu Fuss" einrichten und abschliessend nur die reinen Datendateien von alt nach neu kopieren (per Dateifreigabe, USB-Stick, ext. Festplatte...). Schliesslich hat man nur einmal im einem Mac-Leben die Chance, ihn völlig clean aufzusetzen.