Hallo NadjaE,
bei möglichem Datenverlust durch iCloud-Synchronisierung würde ich zuerst möglichst nichts weiter an den betroffenen Ordnern ändern. Also keine leeren Ordner löschen, nichts neu sortieren und iCloud Drive nicht vorschnell aus- und wieder einschalten.
Ich würde zuerst an beiden Macs prüfen, ob die Dateien lokal vielleicht noch vorhanden sind: im Finder über die Suche nach einem bekannten Dateinamen suchen und auch den Papierkorb auf beiden Geräten prüfen.
Danach auf iCloud.com > Drive > Zuletzt gelöscht bzw. über die Datenwiederherstellung prüfen. Apple gibt für gelöschte iCloud-Drive-Dateien in der Regel ein Zeitfenster von 30 Tagen an.
Wenn du ein Time-Machine-Backup hast, wäre das jetzt der wichtigste nächste Schritt. Damit kannst du gezielt einen früheren Stand des betroffenen Ordners wiederherstellen, ohne gleich den ganzen Mac zurückzusetzen.
Apple beschreibt das hier:
Wiederherstellen von mit Time Machine gesicherten Objekten auf dem Mac - Apple Support (DE)
Falls kein Backup vorhanden ist und die Dateien weder lokal noch auf iCloud.com auftauchen, würde ich den Apple Support kontaktieren, bevor weiter synchronisiert oder zurückgesetzt wird. Dann ist wichtig, möglichst genau sagen zu können, wann der Verlust aufgefallen ist und welche Ordner betroffen sind.