Das Verhalten passt dazu, dass die erste Synchronisierung deiner 11.000 Fotos noch nicht abgeschlossen ist. Bei aktivierten iCloud-Fotos gilt grundsätzlich: Löschst du ein Foto in iCloud, wird es auch auf allen Geräten gelöscht, auf denen iCloud-Fotos mit demselben Apple Account aktiviert ist.
Ich würde deshalb im Moment nichts zurücksetzen und iCloud-Fotos auch nicht wieder deaktivieren.
Öffne auf dem iPhone die Fotos-App und tippe oben rechts auf dein Account-Symbol. Dort zeigt iOS den aktuellen Synchronisierungsstatus an. Bei einer so großen Mediathek kann die erste Synchronisierung eine Weile dauern; sinnvoll sind dabei WLAN und eine Stromversorgung.
Prüfe außerdem unter Einstellungen > [dein Name] > iCloud > Fotos, ob „Dieses iPhone synchronisieren“ weiterhin aktiviert ist.
Erst wenn dort angezeigt wird, dass die Synchronisierung abgeschlossen ist, würde ich erneut mit einem unwichtigen Testfoto prüfen: auf iCloud löschen und beobachten, ob es anschließend auch auf dem iPhone verschwindet.
Noch ein wichtiger Punkt: „iPhone-Speicher optimieren“ ändert daran nichts. Dabei können lediglich platzsparende Versionen auf dem iPhone liegen, während die Originale in iCloud gespeichert werden. iCloud-Fotos bleibt trotzdem eine synchronisierte Mediathek – eine Löschung wird also normalerweise überall übernommen.
Apple beschreibt das ausdrücklich so: Änderungen und Löschungen werden auf allen Geräten mit aktivierten iCloud-Fotos synchronisiert.
Zum Nachlesen: Apple Support, Artikel „iCloud-Fotos einrichten und verwenden“, Artikelnummer 108782.