Die Einstellung unter „Systemeinstellungen → Allgemein → Sprache & Region → Datumsformat“ ist grundsätzlich die richtige. Apple beschreibt sie ausdrücklich als Format, das macOS und Apps für Datumsangaben verwenden sollen.
Wenn Kalender trotzdem weiter „DD.MM.YYYY“ zeigt, würde ich zuerst Kalender vollständig beenden und neu öffnen. Falls sich nichts ändert, den Mac einmal neu starten und anschließend erneut prüfen.
Wichtig ist aber, wo genau Kalender das falsche Format zeigt. Die Kalender-App bietet in ihren eigenen Einstellungen keine separate Auswahl für „YYYY-MM-DD“. Wenn also nur eine bestimmte Ansicht oder ein bestimmtes Datumsfeld weiterhin „DD.MM.YYYY“ verwendet, kann das auch an der Kalender-App selbst liegen und nicht an deiner Systemeinstellung.
Bei dir würde ich deshalb noch nichts über Terminal-Befehle oder andere Eingriffe ändern. Wenn du kurz schreibst, an welcher Stelle in Kalender „DD.MM.YYYY“ erscheint – zum Beispiel beim Bearbeiten eines Termins oder bei „Gehe zu Datum“ – lässt sich das genauer eingrenzen.
Zum Nachlesen: Apple Support, Mac-Benutzerhandbuch, „Darstellung von Datum, Uhrzeit und anderen Angaben auf dem Mac ändern“, Dokumentpfad: /de-de/guide/mac-help/mh27073/mac.