Si tras el sync no los encuentras...la única solución que se me ocurre es que "pases" del iTunes e intentes cualquier aplicación de las que hay para entrar en el iPAD fuera de iTunes.
Yo uso iExplorer en mi Mac, pero similares ...un montón.
Solo tendrás un problema, si no recuerdo mal, y es que dentro del iPAD los libros se guardan con un nombre de fichero en hexadecimal que no tiene nada que ver con los títulos que tu ves en iBooks.
No pasa nada. La idea es copiar a tu PC via esa aplicación toda la biblioteca de libros de tu iPAD, y ya en el PC ir abriendo esos libros uno a uno, y ya sabiendo que libro es salvarlo con un nombre definitivo.
Ardua labor, pero....es lo que hay.
Salu2.