Hola Martinviggi!!
La sección de iCloud "Documentos" incluye documentos que guardan apps, documentos de iCloud Drive y archivos recuperables, es decir, archivos que has borrado pero que quedan almacenados unos días por si los quieres recuperar.
Para hacer limpieza en la sección "Documentos", entra en la web de www.icloud.com, ve a Ajustes y, en la zona Avanzado, pulsa en Restaurar archivos. Ahí los puedes seleccionar todos y borrarlos permanentemente para liberar el espacio en iCloud.
Prueba y nos cuentas.
Saludos!!