Hola Aaayealonso!!
Hay varias cosas a tener en cuenta.
¿En qué dispositivo tienes esas fotos que no se han subido a iCloud?.
¿De qué capacidad es ese dispositivo y cuanto espacio le queda libre?.
¿Qué plan de iCloud tienes y cuanta capacidad libre te queda?.
Con la Fototeca activada en tu dispositivo, las fotos se guardan automáticamente en iCloud. Si esas que comentas no se han guardado puede ser por falta de espacio en iCloud.
Las fotos que no se guarden en iCloud y que, por lo tanto, se guarden en tu dispositivo, están incluidas en la copia de seguridad que se haga del dispositivo. ¿Haces copias de seguridad periódicas?.
Usando la web www.icloud.com desde un ordenador puedes gestionar manualmente las fotos.
Saludos!!