Hola Alimar1!!
Al tener el almacenamiento de iCloud lleno, las fotos que no han cabido en iCloud se han quedado físicamente en el 5S y por eso en el 6S no se ven, por que no están en la Fototeca de iCloud.
Para poder tener en iCloud todas las fotos del iPhone 5S, puedes hacer varias cosas.
Puedes aumentar el almacenamiento de iCloud. El plan de 50 gb es muy económico y va muy bien. Te costará llenar esos 50 gb.
Puedes borrar de iCloud algunas fotos que no quieras para que quepan las fotos que se han quedado en el iPhone 5S. Así ya cabrán en iCloud y aparecerán en el 6S por medio de la Fototeca.
También puedes guardar las fotos que hay en el 5S, y que no han cabido en iCloud, en otra nube. Instalas en el iPhone 6S la app de esa nube y ya las podrás ver en ese iPhone, aunque no en la app Fotos.
Otra opción sería centralizar todas tus fotos en un ordenador. Es decir, descargar en un ordenador todas las fotos de iCloud y las que están en el 5S que no han cabido en iCloud. Después, desactivar la Fototeca del iPhone 6S y sincronizar todas las fotos del ordenador al iPhone 6S con iTunes. Esas fotos las podrás ver en la app Fotos del iPhone, pero no las podrás borrar. Las fotos que se sincronizan con iTunes se gestionan con iTunes.
Otra cosa a tener en cuenta es el almacenamiento de los iPhone. ¿De qué capacidad son y cuanto espacio libre les queda?.
Saludos!!