Hola borjairanzo,
Si cuentas con un respaldo de tu información, en Time Machine por ejemplo, puedes considerar el realizar la actualización empleando un instalador ejecutable para macOS en caso de que hubiera algún problema al usar directamente el instalador que descargaste desde la App Store. Pero antes de crear dicho instalador, es recomendable verificar la integridad del instalador que vamos a usar, para evitar usar uno que este corrupto gracias a que se haya presentado una descarga incompleta por ejemplo.
Puedes verificar la integridad del instalador utilizando la aplicación Terminal, la cual la encuentras en la carpeta de Utilidades (command + shift + U) o escribiendo 'Terminal' en Spotlight.
Una vez descargado el instalador, en este caso de la versión actual de macOS Sierra, 10.12.6, desde la App Store, abrimos Terminal y escribimos los siguientes comandos:
md5 /Applications/Install\ macOS\ Sierra.app/Contents/SharedSupport/InstallESD.dmg
shasum -a 1 /Applications/Install\ macOS\ Sierra.app/Contents/SharedSupport/InstallESD.dmg
shasum -a 256 /Applications/Install\ macOS\ Sierra.app/Contents/SharedSupport/InstallESD.dmg
Cada uno nos devolverá ciertos valores, los cuales podemos comparar con los siguientes valores de md5, sha1 y sha256, respectivamente, para el instalador de la versión 10.12.6 de macOS Sierra:
macOS Sierra 10.12.6 Build: 16G29
md5: 174997dd6707873688ef2944e22f0cc2
sha1: b53c36706eef6e0e15c1f76ef51d1b552705fc75
sha256: d93efaaaa9d029b52ac1985043fabf0e6c8d5015841e7338f96ed9e162538b2c
Si los tres valores de arriba coinciden con los que obtengamos desde Terminal, podemos crear con seguridad el instalador ejecutable.