Hola Javier_Angeli!!
Todas las secciones de iCloud, incluida iCloud Drive, sincronizan información. Es decir, la información está guardada en iCloud y se descarga en los dispositivos en los que inicies sesión con tu ID de Apple. Los cambios que hagas se sincronizan también. Es decir, si borras algo de iCloud también se borra de los dispositivos, y viceversa.
Si no quieres guardar los documentos en iCloud Drive debes copiarlos en una carpeta del disco duro de tu Mac. Después ya los podrás borrar de iCloud Drive. Pero ten en cuenta que esos documentos solo estarán en tu Mac. No los tendrás respaldados a no ser que hagas copias de seguridad del Mac.
Saludos!!