Todo la información del sistema y de las aplicaciones de Apple sí están encriptados, además los datos en iCloud lo están así como la transferencia de datos entre los dispositivos y los centros de datos de Apple.
Pero esto es referente a las Apps de Apple, lo que haga cada desarrollador con los datos de cada App... es cosa del desarrollador y hay que informarse.
Información sobre la seguridad en iCloud: iCloud security overview - Apple Support
Y un poco de lectura sobre la seguridad en iOS10 https://www.apple.com/business/docs/iOS_Security_Guide.pdf
El de iOS 11 no lo han publicado pero es de suponer que tenga otra vuelta de tuerca.