Hola Gabrielcr!!
Para ver todo lo que estás guardando en iCloud entra en los Ajustes del iPhone, tu ID, iCloud. Ahí verás todo lo que tienes activado en iCloud.
Es posible que, lo que te esté ocupando espacio no deseado en iCloud, sean archivos recuperables. Archivos que has borrado pero que aún quedan unos días en iCloud en espera de poder ser recuperados si lo deseas. Para borrarlos definitivamente, entra en la web de www.icloud.com desde un ordenador, ve a Ajustes y, en la zona Avanzado, pulsa en Restaurar archivos. Ahí los puedes seleccionar todos y borrarlos permanentemente para liberar el espacio en iCloud.
Echa también un vistazo a esta web de apple: Gestionar tu espacio de almacenamiento en iCloud - Soporte técnico de Apple. Hay consejos para gestionar el almacenamiento de iCloud.
Si usas iBooks, comprueba también al almacenamiento que están ocupando los libros. En esta web de Apple tienes más detalles sobre iBooks: Primeros pasos con iBooks - Soporte técnico de Apple
Prueba y nos cuentas.
Saludos!!