Hola Jorgemtz!!
Sí, cualquier modelo de Watch es compatible con el iPhone SE.
Para poder utilizar el Apple Watch Series 3 (GPS + Cellular), necesitas un iPhone 6 o posterior con la versión más reciente de iOS. (Para usar un Apple Watch Series 3 (GPS) o modelos anteriores del Apple Watch, necesitas un iPhone 5s o posterior con la versión más reciente de iOS).
El iPhone SE salió en marzo de 2016, después de los modelos 6S.
Saludos!!