Ok. Creo que el problema puede venir por que tienes activada la Fototeca en el iPhone y no tienes espacio en iCloud.
La función de la Fototeca es sincronizar las fotos y vídeos entre todos tus dispositivos y iCloud.
Al hacer una foto, la Fototeca la intenta subir a iCloud, pero como no hay espacio en iCloud, no la puede guardar. Con las capturas de pantalla ocurre igual.
Con la Fototeca activada, las fotos no se incluyen en la copia de seguridad, por que ya se están guardando en iCloud por medio de la Fototeca.
Con la Fototeca desactivada, las fotos sí se incluyen en la copia de seguridad.
De una forma u otra, las fotos quedan guardadas en iCloud. Si no tienes espacio suficiente en iCloud, es posible que pierdas fotos o que te ocurra lo que comentas.
Lo ideal es mantener un equilibrio entre los almacenamientos de los dispositivos y el de iCloud. De poco te sirve tener un iPhone de 128gb y solo 5gb en iCloud.
Quizás te interese usar iCloud para sincronizar todo excepto las fotos. Y las fotos guardarlas en otra nube. O contratar más espacio en iCloud, para tenerlo todo en iCloud.
Saludos!!