Ok. Con los detalles que explicas creo que entiendo lo que necesitas hacer.
De todas formas, iCloud sincroniza información. Si borras algo de un dispositivo también se borrará en iCloud, y viceversa.
Lo que debes hacer es, ahora que todo estará sincronizado, desactivar en el Mac la información que guardas en iCloud. No borrar, si no desactivar, para que la información desaparezca del Mac pero que no se borre del Mac.
Si tienes dificultades, contacta con el soporte técnico de Apple para obtener ayuda. Desde este enlace puedes hablar con ellos: Contactar con el Soporte técnico de Apple. Escoge tu región en la zona inferior de la página. Y aquí: Ponerse en contacto con Apple, están los teléfonos del soporte técnico de Apple en todo el mundo. Llama al más cercano a tu región.
Ya nos contarás que tal te ha ido.
Saludos!!