Hola!
En el caso de Whatsapp no se puede. Si entras en la información de un contacto en WhatsApp, pulsando en su nombre, ninguno de los tonos que hayas comprado o creado aparecen en la opción Tono personalizado.
Con la integración de llamadas de aplicaciones de terceros, ya puedes hacer llamadas de WhatsApp. En ese caso, los tonos que utilices tienes que configurarlos dentro de la aplicación de Contactos del iPhone.
Un saludo