mis aplicaciones incompletas o dañadas

Vaya!

No se si has hecho alguna actualización del sistema o alguna otra acción justo antes de experimentar este problema.

Y no se que versión tienes en tu Mac. O si has reiniciado para ver si hay algún cambio.

Yo lo primero que haría es hacer una comprobación del estado del sistema a ver si te marca algún fallo, es uno de los consejos que da Apple si no puedes conectarte a iTunes Store,iBooks Store o App Store

página de Estado del sistema de Apple

Fíjate si hay alguna opción que no esté en verde.

También puedes iniciar tu Mac en Modo seguro para que realice comprobaciones

Utilizar el modo seguro para aislar los problemas en el Mac - Soporte técnico de Apple

Te mando también este articulo.

Mac OS X: Cómo solucionar un problema de software - Soporte técnico de Apple

El apartado que a ti te interesa, puesto que no puedes abrir Preferencias del sistema, es el siguiente:

Si el problema se manifiesta en varias aplicaciones o en Mac OS X Mírate el punto 3 de esta sección

Si puedes contactar con Contacto - Soporte técnico oficial de Apple te podrán ayudar en el proceso.

Haz copia de tus archivos antes de hacer nada. No suele ocurrir que al reiniciar en modo seguro se borre nada, pero la verdad es que tu Mac tiene un comportamiento bastante extraño en estos momentos.

Espero que puedas arreglarlo

Un saludo