Hola!
Supongo que la instalación de Windows la has llevado a cabo con Boot Camp, no? porque me parece que si no lo haces así, puede crear conflicto con el sistema de archivos de MacOS....yo nunca he instalado Windows en mi Mac, pero conozco a gente que sí, y creo recordar que lo han hecho con Boot Camp. Boot Camp es lo que se denomina un "dual booting system" de los Mac para poder tener Windows y MacOS en el mismo disco duro, lo mismo que si tienes Windows y Linux en un PC común, el sistema es el mismo.
En cuanto a la partición que no deja que la elimines, puede deberse a que los archivos del sistema (en este caso, Windows) hayan quedado corruptos...también por eso puede deberse que no tenga formato....
Cualquier otra pregunta que tengas, aquí estamos.
Saludos!!
Amethyst.