Hola Terrones11
Usar el dispositivo mientras se carga, ya sea usando aplicaciones o haciendo algunas llamadas, no tiene ningún problema respecto a la batería. De hecho, si lo cargas encendido, es posible que igualmente esté ejecutando operaciones en algunas apps que funcionan en segundo plano.
Es importante tener en cuenta las recomendaciones de Apple que puedes encontrar en esta página web
https://www.apple.com/es/batteries/maximizing-performance/
Encontrarás recomendaciones para todos los dispositivos Apple. A modo general, verás que lo más importante es que tu dispositivo siempre está actualizado, que no esté sometido a temperaturas extremas, y que, si puedes, uses siempre el cable original para cargarlo.
Un saludo