Hola Debuenrollo
Primero, en la captura que me mandas, no aparece lo que ocupa Mail porque ahora tienes que pulsar en Gestionar para que te aparezca lo que ocupa realmente la aplicación
Te aparecerá ahí
Con respecto a Sistema, es posible que la carpeta que aun no has borrado de MailOld, te sume, lógicamente, además de la nueva que está en la biblioteca oculta.
Si puedes trasladarla a un pendrive o disco externo, hazlo y después bórrala del Mac y vacía la papelera. Así respaldas la carpeta igual que si estuviera en el Mac. Después de pasarla al externo y borrarla del Mac, comprueba otra vez el almacenamiento.
Los correos en la aplicación Mail, se copian del servidor. Comprueba que están ahí los que te faltan.
Seguimos hablando esta noche. Ahora me voy a trabajar, pero te dejo esta información
Solucionar problemas de correo electrónico en el Mac - Soporte técnico de Apple
Problemas de visualización de mensajes y buzones
Si un buzón se ha desconectado
Si la búsqueda no encuentra los mensajes correctos
Si estás inquieto, intenta conectar con soporte para Mail, en el enlace que te indiqué en el primer mensaje que te envié
Un saludo