Hola NicolásParreira
Cuando alguna aplicación te impide cerrar sesión porque se encuentra abierta, lo mejor es que fuerces salida de la aplicación, porque a veces, cerrarla pulsando en el botón rojo no es suficiente.
Para forzar salida, puedes pulsar sobre el icono de la aplicación con la tecla Alt pulsada o hacerlo desde la barra de menús-manzana-forzar salida.
También puedes reiniciar el Finder.
Ya veo que has realizado algunas acciones para intentar solucionarlo.
Aun así, te dejo información por si hay alguna cosa más que puedas hacer.
Veo que has iniciado en Modo seguro. Pero ¿has intentado reparar la aplicación desde el Modo seguro?
También tienes la opción de hacerlo desde otro usuario del Mac
Si no tienes creado otro usuario, puedes hacerlo como te indica Apple en este enlace
macOS Sierra: Configure usuarios, invitados y grupos en su Mac
Poco más se me ocurre, ya que el problema se suele solucionar con reparar la fototeca
Cómo usar la herramienta de reparación de la fototeca de Fotos - Soporte técnico de Apple
Si no consigues arreglarlo, ponte en contacto con Apple a ver si pueden ayudarte
Contacto - Soporte técnico oficial de Apple
Un saludo