Hola mzuniga
Me temo que tu espacio de almacenamiento se ha agotado y por eso, las notas no estaban actualizadas según iCloud: Eliminar una nota
Si no ves Eliminado recientemente en la lista de carpetas que aparece a la izquierda, es porque no hay ninguna nota eliminada recientemente.
Si no ves una lista de carpetas a la izquierda de la lista de notas, significa que no estás utilizando las notas actualizadas y, por lo tanto, no puedes recuperar las notas eliminadas.
Un saludo.