Se puede. No es problema... el hardware de Apple es relativemante común dentro del Kernel de Linux y salvo la gráfica y quizás el wifi que necesite de la instalación de drives adicionales dependiendo de la distribución todo funciona bastante bien.
No tengo experiencia con Kali Linux pero al ser una derivada de Debian no tendrás problema alguno en hacerla funcionar, otra cosas es el que hardware de Apple (sobre todo lo referente a las redes y wifi) sea el adecuado para hacer auditorías.
Para el gestor de arranque usa rEfit o no utilices nada y arranca con la tecla alt pulsada.
Sobre el cómo hacerlo me temo que tendrás que leer documentación. La forma fácil es hacer un USB de instalación, particionar el disco y bla bla bla bla ... si no tienes experiencia no es algo sencillo, aunque tampoco complicado.
Haz copia de seguridad.
p.d. particularmente opino que si preguntas "cómo instalar Linux", deberías empezar en un ordenador que no tengas miedo de formatear el disco duro y usar otra distribución más amigable. Kali Linux es una distribución orientada a la auditoría y seguridad informática en general que es como jugar en las grandes ligas.