Prueba algunas cosas más.
Intenta arrancar en modo seguro a ver que pasa.
Utilizar el modo seguro para aislar los problemas en el Mac - Soporte técnico de Apple
Si el problema no se produce en el modo seguro
Si no se produce un problema cuando el Mac se ha iniciado en modo seguro, prueba a reiniciar sin pulsar ninguna tecla.
- Si el problema se repite, es posible que tengas algún ítem de arranque incompatible.
- Si el problema no se repite, probablemente el motivo sería un problema de la caché o de directorio con el disco de arranque que ha solucionado el modo seguro.
Sería interesante saber si el disco duro te da algún error y si es así, si lo puedes o no reparar.
Reparar un disco con Utilidad de Discos en el Mac - Soporte técnico de Apple
Para el tema de arranque lento, estaría bien saber si tienes algún ítem de arranque que da problemas o hace que el arranque sea más lento.
Preferencias del sistema-Usuarios y grupos-Usuario administrador-Items de inicio
Pulsa sobre las aplicaciones que no necesites abrir durante el arranque y después en el signo - (menos)
Poco más puedo aconsejarte.
No creo que tengas la encriptación de FileVault activada, porque lo habrías comentado.
Si has borrado el disco duro, reinstalado de cero y además has restaurado los parámetros de la RAM, poco más te puedo aconsejar
macOS Sierra: Si el Mac presenta un funcionamiento lento
Si nada de lo que te escribo funciona, contacta con Apple para que te ayuden
Yo te doy opciones de problemas de software, pero a lo mejor te indican hacer un Apple Hardware Test, u otras comprobaciones por si no es el software el que te da problemas.
Cómo usar Apple Hardware Test en el Mac - Soporte técnico de Apple
Contacto - Soporte técnico oficial de Apple
Un saludo