Apple hace tiempo que no indica que las aplicaciones sean gratuitas, porque casi todas ahora tienen "compras integradas". El botón que antes era "Gratis" ahora es "Obtener".
Seguramente lo que te han cobrado son algunas compras integradas o suscripciones, que son posteriores a la compra y que la App te habrá indicado.
De qué App se trata?