Como bien dices que no se ejecuta desde la carpeta de Aplicaciones pueds hacerlo de dos maneras, una es crear un usb de instalación con la Utilidad installcreatemedia disponble desde el Terminal con estas instrucciones una vez bajado el instalador del High Sierra cerrando el instalador al iniciarseasí estará en la carpeta Aplicaciones.
Crear un instalador ejecutable para macOS - Soporte técnico de Apple
Otra opción es como te indica adpetruzela y es desde Restauración, arrancando con una secuencia de teclas inicias el instalador desde internet ydesde ahí sín formatear instalas el sistema, de esta manera o la otra no perderás nada de tu información.
Cómo reinstalar macOS - Soporte técnico de Apple
Cuando lo hayas hecho de alguna de las dos maneras nos cuentas como te fué.
Saludos.