Hola anadesantiago!!
¿En qué cuenta tenías esas notas guardadas?. Comprueba que cuenta por omisión tienes configurada para guardar las notas. Lo podrás ver desde los Ajustes de un iPhone, Notas, Cuenta por omisión.
En la cuenta de iCloud, las notas que borres irán a la carpeta Eliminadas Recientemente, que después de 30 días serán eliminadas permanentemente. ¿Cuánto tiempo hace que has perdido las notas?.
Los datos de Notas almacenados por servicios de terceros no se guardan en iCloud. Consulta con el proveedor de ese servicio para obtener información acerca de cómo recuperar los datos.
Las notas guardadas en la cuenta de iCloud no se guardan en una copia de seguridad, por que ya se están guardando en iCloud, en su propia sección de Notas.
Puedes usar iCloud para actualizar tus notas en todos tus dispositivos. Para configurar Notas con iCloud, ve a Ajustes > [tu nombre] > iCloud y activa Notas. Si utilizas iOS 10.2 o anterior, ve a Ajustes > iCloud. Verás tus notas en todos los dispositivos de Apple en los que hayas iniciado sesión con el mismo ID de Apple.
Prueba y nos cuentas.
Saludos!!