El funcionamiento de la fototeca de iCloud siempre ha sido así: lo que se borra en un dispositivo se borra en todos. Antes había otras cosas (en realidad las sigue habiendo): fotos de streaming, álbumes compartidos, etc. pero eso no es la fototeca de iCloud.
Las fotos borradas va a una carpeta (borrados recientemente) durante 30 días, pasados los cuales se borran definitivamente sin posibilidad de recuperación.
También el mensaje que aparece al borrar así lo indica (está en inglés este que pongo, pero indica: la foto será borrada de iCloud y de todos tus dispositivos).