No, con iTunes tampoco se pueden seleccionar partes de una copia de seguridad. Se restaura de una pieza y también se sobreescribe. Además tiene que estar cifrada la copia, por que si no, no contendría los datos de salud.
Recuerdo que antes había software, totalmente ajeno a Apple, que sí dejaba restaurar partes de las cópias de iTunes. Pero claro, en tu caso sería tarea más difícil aún, ya que intentarías restaurar solo los datos de salud, de una copia encriptada, que quizás ese software no pueda desencriptar. Pero ya digo, recuerdo que antes había algún software parecido. Ahora, lo desconozco.
Cierto es también que hay que tener cuidado con las cosas no certificadas por Apple.
Saludos!!