Hola de nuevo,, no se si es un HD externo el que usted usa para las copias de Time machine o que es exactamente.-
Obviamente en el momento en que formateas una partición sea del sitio que fuere se eliminan todos los datos de esta. Al formatear es cuestión de escoger la partición que le interese, esto no afecta al resto.-
Cómo formatear un disco para Time Machine
Time Machine es compatible con todos los formatos Mac OS Plus (con registro) y Xsan. Si el disco no está utilizando el formato adecuado, Time Machine te pedirá automáticamente que lo borres cuando lo conectes al Mac:
Si tienes que borrar el disco manualmente, utiliza la app Utilidad de Discos para borrar con el formato Mac OS Plus (con registro).
Time Machine no puede realizar una copia de seguridad en un dispositivo iOS o en un disco formateado para Windows. Si el disco utiliza el esquema de partición Registro maestro de arranque (MBR), puede que algunas de sus particiones no estén disponibles para su uso con Time Machine.
Saludos