Vos applications peuvent évidemment être installées sur le disque de votre choix, il n'y aura pas d'incidence sur leur fonctionnement. En revanche, je ne sais pas si le fait d'avoir a transporter un Disque Dur externe en permanence soit très pratique. Pour les applications déjà installées, il vous suffit de les glisser de votre dossier applications vers le disque dur (attention, à faire depuis le dossier applications, glisser le logo de votre application depuis le dock n'aura aucun autre effet que de copier le raccourci de cette app).
Par contre ne déplace pas les applications qui sont installées à l'origine dans /Applications, dont toutes les applications Apple, au risque de créer des problèmes de sauvegardes iCloud (avec les contacts par exemples).
Mais attention, certaines application gourmande risque d'être ralentie par le débit de l'usb donc si tu as possibilité je te conseille un disque Thunderbolt.