Je ne retrouve plus mes sous dossiers que j’avais créés sur ma boite mail Hotmail et cela m’empêche d’archiver mes mails dans ses sous dossiers. Lorsque je me connecte sur Hotmail directement via Safari, mes sous dossiers apparaissent bien.

As-tu vérifié la messagerie dans la partie du dessous dans l'application Mail ? Dans la partie supérieure, lorsque tu sélectionnes une boîte, tu vois seulement le dossier "Réception" de ta messagerie. Dans la partie du bas, lorsque tu sélectionnes une boîte, tu vois tous les dossiers de ta messagerie, et c'est à partir de là que tu peux (normalement) voir tous tes autres dossiers.

Si oui, et que le problème persiste, il y a une solution qui a corrigé le même problème que toi qu'un autre utilisateur avait rencontré. Il suffit de supprimer la boîte mail dans les Réglages > Mail > Comptes > La messagerie > Supprimer le compte, puis de reconfigurer la messagerie, et la synchro se relance.