La seule manière dont les SMS sont conservés par iCloud, est éventuellement avec une sauvegarde iCloud. Pour tout effacer il suffit de supprimer cette sauvegarde: iCloud: Supprimer la sauvegarde d’un appareil iOS d’iCloud
Si tu n'a pas fait de sauvegarde iCloud, alors les SMS sont uniquement sur ton téléphone, et il suffit de les supprimer normalement.