Nekko,
Se você sincroniza seu iCloud Drive com seu MacBook Pro, o conteúdo de lá é inserido no seu MacBook Pro, ou seja, você fica consumindo espaço do seu computador. Se você deletar do iCloud Drive, perderá o acesso ao arquivo de modo definitivo. Se você não faz a sincronia do iCloud Drive com seu computador, e você já ter enviado os arquivos para seu iCloud Drive poderá deletar eles do seu computador sem o risco de perder, já que os arquivos já estão na nuvem.
Espero ter ajudado!
Atenciosamente,
Felipe Lapolli