Olá @leniseromero,
O comportamento padrão é a sobreposição dos dados, mas eventualmente vc pode observar alguns itens duplicados por conta das sincronizações. O ideal é que vc faça um backup do conteúdo atual para posteriormente restaurar seu iPhone a partir de um backup antigo. Assim vc garante que não perderá nada.
Espero ter ajudado.
Até logo!