Olá oyporan,
A única possibilidade das fotos serem removidas da sua conta automaticamente é através da sincronização com seu dispositivo, a menos que as fotos estejam num álbum compartilhado. Ou seja, vc deleta a foto no dispositivo e, por estar sincronizado com sua conta do iCloud, o conteúdo é removido conta tbm.
Verifique o seguinte: acesse Ajustes > iCloud > Fotos. Veja se a opção "Transferir e manter originais"está selecionada. Caso esteja, é provável que as fotos estejam sendo apagadas por isso. Para que as fotos não sejam apagadas através do dispositivo, marque a opção Otimizar no iPhone. Dessa forma, toda foto transferida para a conta será gerenciada apenas através do iCloud.com.
Diga se funciona. Até logo!